O Bloco Associação Carnavalesca Beija-Flor (mais tarde escola de samba) foi fundado em 25 de dezembro de 1948 por um grupo de amigos formado por Milton de Oliveira (Negão da Cuíca), Edson Vieira Rodrigues (Edinho do Ferro Velho), Helles Ferreira da Silva, Hamilton Floriano, José Fernandes da Silva e os irmãos Mário Silva e Walter da Silva. O grupo comemorava o Natal na esquina da Avenida Mirandela com a Rua João Pessoa, no Centro de Nilópolis, quando tiveram a ideia de criar um bloco carnavalesco para suprir a extinção dos blocos Irineu Perna-de-Pau e dos Teixeiras. A reunião oficial do Bloco ocorreu no Grêmio Teatral de Nilópolis. Negão da Cuíca foi eleito presidente e Edinho do Ferro Velho foi eleito secretário do Bloco. Durante a reunião, também foram escolhidos nome, cores, símbolo e madrinha da agremiação.
O bloco foi campeão municipal logo em 1949, seu primeiro ano de desfile, tendo sido tricampeão até 1953, seu último desfile como bloco. Um fato curioso é que nessa época um dos blocos rivais da Beija-Flor era o Bloco do Centenário, que chegou a ser presidido por Aniz Abraão David, o Anísio. Segundo depoimento de integrantes antigos da Beija-Flor, havia uma certa rivalidade entre os dois blocos, chegando até mesmo a Anísio ter, certa vez, desligado a iluminação durante o desfile da Beija-Flor. Por outro lado, seu irmão Nelson, ainda jovem, gostava de frequentar os eventos sociais da Beija-Flor, e mais tarde, lá conheceria sua futura esposa, Marlene Sennas, filha do primeiro presidente da escola.
Em 1953, através da articulação do compositor Cabana, que morava em Nilópolis, mas tinha família oriunda do Rio Comprido, na capital, começou-se as articulações para a transformação do bloco em escola de samba, que se inscreveu na Confederação Brasileira de Escolas de Samba para participar dos desfiles do segundo grupo carioca, onde obteve a primeira colocação. Seu primeiro presidente, após a transformação em escola de samba, foi José Rodrigues Sennas, ex-militar, morador da comunidade, que não estava entre os fundadores originais, mas foi convidado por eles para assumir o posto. Vice-campeã do segundo grupo novamente em 1962, foi novamente rebaixada após o décimo e último lugar de 1963. Em 1964, amargou novo rebaixamento, indo parar na terceira divisão do carnaval. Em 1965, Anísio, ex-adversário, então já em ascensão no jogo do bicho, teve uma rápida passagem pela presidência da escola. Posteriormente, seu irmão Nelson foi eleito presidente, em 1972, derrotando em eleição o ex-presidente Helles, e um terceiro candidato.
Após vários anos pelas divisões inferiores, apenas em 1973, o primeiro sob a administração de Nelson, quando apresentou um enredo sobre a educação, conquistou o vice-campeonato do segundo grupo, retornando à divisão principal. A partir de então, seu irmão Anísio tornou-se patrono e presidente de honra, transformando-se numa espécie de mecenas, e assumindo cada vez mais as decisões na escola.
A história da agremiação, pode ser dividida em duas partes: antes e depois de Joãozinho Trinta, que assumiu o cargo de diretor em 1976, com um enredo em homenagem ao jogo do bicho. Os desfiles assinados são considerados pela maior parte da crítica como antológicos, pois mesmo quando não vencia, provocava admiração nos espectadores.
Foi o que aconteceu em 1989 quando a escola, conhecida pelo luxo de suas alas e alegorias, surpreendeu o público com o enredo “Ratos e urubus, larguem a minha fantasia” levando para o Sambódromo carros e alas repletos de lixo, além de uma réplica do Cristo Redentor mendigo.
Após uma ação judicial proposta pela Igreja Católica, a imagem foi proibida pela Justiça, e a alegoria passou pelo desfile coberta por um plástico, a frente do qual se podia ler “mesmo proibido, olhai por nós“. Mesmo com isso no meio do desfile das campeãs daquele ano integrantes da escola arrancaram o plástico que cobria o cristo, levando o público ao delírio e a plateia a aplaudir. Naquele ano a Beija-Flor ficou com o segundo lugar, mas Joãozinho foi considerado por algumas pessoas o campeão moral do desfile [carece de fontes].
No carnaval de 1992, um casal desfilou completamente desnudo. Joãozinho Trinta foi levado à Delegacia de Policia, onde alegou que era uma homenagem a obra de Leonardo Da Vinci.
Após a saída do carnavalesco, após o carnaval de 1992, a escola colocou no posto Maria Augusta (1993) e o jovem Milton Cunha (1994-1997).
Com a criação de uma comissão de carnaval, em 1998, a escola voltou a vencer um campeonato, empatada com a Mangueira.
Durante os anos 2000 a escola se manteve sempre nas primeiras colocações, sendo que no período 2003/2005 conquistou seu segundo tri campeonato. Em 2007, voltou a ganhar, dessa vez com uma diferença considerável em relação à segunda colocada. Meses após o Carnaval, a Polícia Federal, durante a Operação Hurricane, prendeu, entre outros bicheiros envolvidos com escolas de samba e a Liesa, o patrono a escola, Anísio Abraão David, e apreendeu uma volumosa quantia de dinheiro, que segundo o delegado responsável pela operação, seria para comprar os jurados do desfile e assim garantir a conquista do título para a Beija-Flor. Após isto, instalou-se uma CPI na Câmara Municipal da cidade do Rio de Janeiro,[56] que não comprovou nenhuma fraude, já que os kits alegados eram para tão-somente os mapas de votação e o delegado que afirmou tal fraude se recusou a comparecer para testemunhar na CPI [carece de fontes], assim como a investigação da Polícia Federal nunca comprovou tais acusações.
Ainda em 2003, surgiu como revelação a passista mirim Raíssa de Oliveira, que tornou-se conhecida por tornar-se rainha de bateria com apenas 12 anos e por sua efetividade num posto altamente rotativo.
Em 2008, a comissão de carnaval escolheu o enredo “Macapaba: Equinócio Solar, viagem fantástica ao meio do mundo” e conquistou o bicampeonato e o seu 11º título.
No ano seguinte, o tema escolhido foi “No chuveiro da alegria, quem banha o corpo lava a alma na folia”, que falava sobre o hábito de se banhar, e os diversos tipos de banho. Houve naquele ano uma pequena mudança no estilo do samba-enredo escolhido. Aquele carnaval também ficou marcado por ter sido realizado em plena passarela, pouco antes do desfile, o casamento do intérprete Neguinho da Beija Flor, que naquele ano se recuperava de um câncer. A cerimônia teve sua parte final transmitida ao vivo pela Rede Globo, sendo que Luiz Inácio Lula da Silva, que esteve presente nos camarotes do Carnaval, foi padrinho do casamento de Neguinho. Naquele ano, a escola conquistou um vice-campeonato, perdendo o título para o Salgueiro.
Em 2010, a Beija-Flor trouxe para a Marquês uma homenagem aos 50 anos de Brasília, sendo considerado um enredo bastante polêmico, e que acabou sendo ofuscado pelos escândalos políticos que estavam acontecendo no Distrito Federal,durante o ano de 2009 e o início de 2010.
Para 2011, o tema escolhido para o carnaval foi uma homenagem ao cantor Roberto Carlos, que se declarara torcedor da agremiação, e no passado já participara de alguns eventos em conjunto com integrantes da escola: Neguinho da Beija-Flor, em julho de 2009, no show carioca da turnê Roberto Carlos – 50 Anos de Música; o próprio Roberto esteve presente no casamento de Neguinho e integrantes da agremiação participaram de shows realizados em cruzeiros onde o cantor também se apresentou. Boatos chegaram a ser divulgados na imprensa sobre um suposto relacionamento entre Roberto e a rainha de bateria Raíssa de Oliveira. No concurso de samba enredo, após a inscrição de dezenas de parcerias, recebeu destaque o samba enredo composto por Erasmo Carlos, Eduardo Lages e Paulo Sérgio Valle, que ficou entre os oito, mas acabou sendo eliminado da disputa. Confirmando o favoritismo, o samba de Samir Trindade (nº 39) derrotou as parcerias de nº 35 (Tom Tom, Miguel Menezes, Gelson, Barbosão e Diogo Rosa) e 77 (Marcelo Guimarães, Ribeirinho, Paulo Lopitas, Almir da Ilha, Milton Tubarão e Veni Vieira). Sagrou-se campeã de 2011. Devido a desentendimentos, Alexandre Louzada deixou a escola após os carnaval.
Para 2012 com a inclusão de André Cezari, junto com Laíla, Fran-Sérgio, Ubiratan Silva e Victor Santos, a Beija-Flor homenageou os 400 anos da cidade de São Luís do Maranhão.[73][74] Além disso trouxe Fábio de Mello como coreógrafo da comissão de frente.
Fora do carnaval, ainda em 2011, a escola sediou um evento de MMA denominado Beija-Flor Fight Combat, onde contou com lutadores da Região Metropolitana, em evento que lotou sua quadra, em 2011.
Em 2013, a escola contou a história do cavalo, com patrocínio da Associação Brasileira de Criadores de Cavalos Mangalarga Marchador. Com o vice-campeonato, garantiu sua vaga no desfile das campeãs, do qual participava desde 1993.
O presidente de honra da agremiação manifestou desejo de ter Boni como enredo de 2014 e o próprio disse que aceitaria a homenagem. O enredo foi confirmado após o desfile das campeãs.
Para o carnaval de 2014 a escola escolheu o samba enredo da parceria de Sidney de Pilares, JR Beija-Flor, Junior Trindade, Adilson Brandão, Zé Carlos e Diogo Rosa. sendo este eleito por internautas do site SRZD, como o melhor desse ano.[82] Além de mais uma vez trazer uma inovação para a Marquês de Sapucaí em 2014 que será a interação entre o 1º Casal de MS e PB e a comissão de frente, gerando uma maior expectativa para o desfile;[83] Porém, as notas que a escola recebeu, foram, em sua maioria, baixas, chegando a ganhar 9,5 (em uma escala de 9,0 a 10) no quesito samba-enredo e outro em comissão de frente. No resultado final, a escola ficou em sétimo lugar, fora do desfile das campeãs, sendo o seu pior resultado desde 1992.
Em 2015, a Beija-Flor levou para a Sapucaí o enredo “Um griô conta a história: Um olhar sobre a África e o despontar da Guiné Equatorial. Caminhemos sobre a trilha de nossa felicidade”, que abordou a cultura e história da Guiné Equatorial. O samba escolhido foi o de número 13, parceria de J.Velloso, Samir Trindade, Jr Beija Flor, Marquinhos Beija Flor, Gilberto Oliveira, Elson Ramires, Dílson Marimba e Silvio Romai. A escola foi a terceira a desfilar na segunda-feira de carnaval. Venceu o campeonato com um total de 269,9 pontos de 270 possíveis (contando descartes).
Em 2016, a azul e branca de Nilópolis tenta o bicampeonato levando para Avenida a história de vida de Cândido José de Araújo Viana, o Marquês de Sapucaí. O enredo e a sinopse foram divulgados no dia 8 de junho de 2015, no barracão da escola na Cidade do Samba.
Em 2017, a azul e branca de Nilópolis levou para a avenida o enredo “Iracema, a virgem dos lábios de mel” baseada no grande romance do escritor cearense José de Alencar, que narra a história da índia Iracema. Mesmo com a inovação de abolir a estrutura de alas e formar tribos na avenida através de cenas, a escola terminou em sexto lugar mesmo ganhando o estandarte de Ouro de melhor Samba-Enredo, considerado o melhor pela crítica especializada.
Após o carnaval de 2017, a escola anunciou o fim da Comissão de Carnaval ao demitir todos os profissionais que trabalhavam nela. A Comissão durou vinte carnavais e rendeu à escola oito títulos e seis vices.
